Nea Potidaia ist im Jahre 1923 erbaut worden, und zwar von Flüchtlingen aus Ost-Thrakien und Kololimnos.
Nea Potidaia wurde auf den Ruinen der antiken Stadt Potidaia erbaut.
Die antike Stadt Potidaia wurde im Jahre 600 v. Chr. erbaut. Der Schutzpatron der Stadt war Poseidon. Während des Aufstandes von Xerxi gegen Griechenland im Jahre 400 v. Chr. erlitt die Stadt eine Niederlage. Ein Jahr später wurde die Stadt wiedererbaut und wehrte sich gegen den Angriff vonArtavazo. Im selben Jahr nahm Potidaia als einzige Stadt von Makedonien zusammen mit anderen griechischen Städten am Kampf von Plataion teil.
Im Jahre 349/8 vor Chr. wurde die Stadt, genau wie all die anderen Städte von Chalkidiki im Makedonischen Königreich integriert.
Nach etwa 40 Jahren, und zwar um das Jahr 326 v. Chr. hat Kassandros an der Stelle, wo sich die Stadt Potidaia befand, eine neue Stadt erbaut und ihr seinen Namen gegeben. Er nannte sie Kassandria. Im darauf folgenden Zeitraum wurde Kassandria zur einer mächtigen Stadt in Makedonien. In dieser Periode wuchs dort die Schiffsindustrie, die zu neuem Wohlstand in der Stadt führte.
Im Jahre 168 v. Chr. wurde die Stadt von den Römern besetzt und blühte erneut auf.
Der Niedergang der Stadt wird mit der Invasion den Hunnen im Jahre 540 v. Chr. in Verbindung gesetzt. Trotz der Bemühungen von Justinian im 14. Jhr n. Chr., die Stadt aufrechtzuerhalten, erlitt Kassandria einen kompletten Niedergang. Die Festung, die wichtig für die Sicherheit der gesamten Halbinsel war, wurde von Ioanni Z. Palaiologo im Jahre 1407 renoviert und später erneut von den Venezianern. Im Jahre 1430 wurde die Stadt von den Türken erobert.
Während der Revolution im Jahre 1821 wurden die alten Befestigungsanlagen renoviert und erneut verwendet. In der gleichen Periode wurde der Kanal neu errichtet.
Im Jahre 1821 gaben die revolutionären Chalkidiker einen harten Kampf, bevor es zur „Zerstörung von Kassandria“, bekannt als „Holocaust“ gekommen ist. Am 14. November jedes Jahres wird dieses Ereignis groß gefeiert.